Ayant bénéficié, de 2011 à 2015, du soutien de l’Agence Nationale de la Recherche, puis, de 2015 à 2016, de celui de la Bibliothèque Scientifique Numérique (BSN5), l’Institut des Sources Chrétiennes s’est associé plusieurs partenaires. De 2011 à 2015, deux instituts de recherche sur l’histoire du texte biblique ont accompagné le projet, l’Institut für Neutestamentliche Forschung de Münster (INTF), qui prépare une nouvelle Editio Critica Maior du Nouveau Testament grec dans laquelle, outre les manuscrits bibliques et les traductions anciennes, toutes les citations néotestamentaires de la littérature chrétienne des premiers siècles seront signalées, et le Peshitta Institute de Leyde1, spécialisé dans le corpus syriaque et à la pointe des recherches sémantiques. Au cours du projet, d’autres partenariats se sont dessinés, en particulier avec l’Institute for Textual Scholarship and Electronic Editing de Birmingham, par la réalisation d’un fascicule sur les citations bibliques publié en 20132. Par ailleurs, deux laboratoires d’informatique rhône-alpins, l’équipe DRIM du Laboratoire d’InfoRmatique en Image et Systèmes d’information (LIRIS) pour le développement d’outils de repérage semi-automatique des citations ; l’équipe STEAMER du Laboratoire d’Informatique de Grenoble (LIG) pour la géovisualisation des données, ont participé au projet. Plus récemment, une collaboration est née avec le Göttingen Centre for Digital Humanities (GCDH) et l'Université d'Anvers, pour poursuivre les recherches sur la détection de l’intertextualité.
Le Conseil Scientifique de BiblIndex se confond avec celui de la collection Sources Chrétiennes pour ce qui concerne le choix des éditions de textes patristiques. Pour les aspects bibliques, un Conseil spécifique a été constitué (voir la page « Équipe du projet »).
Le développement informatique financé en 2015-2016 a permis la mise en ligne des interfaces d’exploration des Bibles et de leur mise en correspondance. Malheureusement, le travail pour intégrer ces données bibliques dans la base de données contenant aussi les références des citations n’a pu être mené à son terme, faute de financement. Il a donc fallu attendre 2018 et le legs de Gilberte Astruc-Morize à l’Association des Amis de Sources Chrétiennes pour pouvoir reprendre le développement, avec JANALIS. Il est en cours encore aujourd’hui, car il se fait à temps très partiel, mais avance régulièrement. La base de données a été entièrement restructurée et comprend maintenant toutes les données du projet. Les interfaces des outils bibliques ont été entièrement refondues, et le formulaire de recherche est en cours de développement. Les données, impossibles à modifier et compléter jusqu’à présent, sont enfin accessibles par le backoffice : c’est un changement invisible mais essentiel, le site est enfin devenu évolutif. Son hébergement par l'Infrastructure de Recherche Huma-Num lui assure également une meilleure sécurité.